Αν η αιτία οφείλεται στο ελικοβακτηρίδιο του πυλωρού, που αναφέραμε νωρίτερα, τότε ο γιατρός θα σας χορηγήσει ειδικό φάρμακο με αντιβιοτικά και αναστολείς της παραγωγής οξέος από το στομάχι.
Σε ορισμένες περιπτώσεις, ασθενείς με πεπτικό έλκος θα χρειαστεί να λάβουν φάρμακα για το στομάχι, για μερικούς μήνες ή και για το υπόλοιπο της ζωής τους.
Στη περίπτωση που το πεπτικό έλκος αιμορραγεί, η έσχατη λύση, αν όλες οι άλλες δε λειτουργήσουν, είναι η χειρουργική επέμβαση.